中国国际科学技术合作协会作为全国性科技外事领域的民间社团，一方面是官方科技外事工作的延伸和补充，承办了政府科技外事部门委托的，十分需要做，而限于人力无力做的工作。根据政府职能转变、政企分开的原则，政府部门重点从事宏观管理，协会则承担行业的政策研究，为政府作参谋，并进行对一些项目的实施和运作。另一方面，协会要从事中介、信息、咨询，发挥第三产业社会化服务的作用。"官民并举"，官方民间构成一个整体，共同为对外科技、经济合作服务。因此，协会要在公益性工作和中介经营性工作两条战线上发挥作用。中国国际科技合作协会充分发挥其在网络和人力资源的两项优势，即：跨部门、跨地区的特性，横向和纵向联系网络作用；大量有多年科技外事实际经验的在职和退役干部。根据国际上非政府组织（ngo）的经验和我国政府机构改革的趋势，协会今后会发挥更多的作用。
到2001年12月，中国国际科技合作协会共有团体会员232个。其中国务院各部、委、局、集团公司等38个；地方科技厅、科委、交流中心和地方协会92个；科研单位、大专院校29个；企事业单位28个；高新技术开发区、创业中心45个，构成了从中央到地方的科技外事系统团体会员网络。至今全国共有25个省、自治区、市和省辖市成立了地方国际科技合作协会。其他一些地方也正在筹备成立协会，这种趋势还在发展中。
