近年来，崇明以其独特的地理优势大力发展绿色有机农业。作为上海的农业大县，崇明县现有总耕地75.8万亩，占上海郊区的24.5%。在产业结构优化方面，崇明河蟹、优质大米、特色蔬菜等产业形成了较大规模。全县养蟹面积稳定在100万亩左右，河蟹总产超过1万吨。崇明“寒优湘晴”优质水稻栽培面积16万亩，是上海最大的优质米生产基地。有机稻种植面积7000亩，年产有机米3000多吨。

　　与此同时，崇明农业的标准化步伐不断加快。全县已建成10家县级重点示范基地，为全面推行农业标准化树立了样板。编制和推广绿色生产技术规程17项、无公害生产技术规程37项。绿色、无公害认证产品占主要农产品种植面积的75.7%。“崇明老毛蟹”、“崇明老白酒”已成为国家地理标志保护产品，“崇明香酥芋”等5个产品获得国家地理标志证明商标。

　　此外，崇明的农业面源污染得到有效治理。粮食生产积极推广测土配方施肥技术，大量应用商品有机肥和绿肥，最近4年商品有机肥应用70万亩，种植绿肥30余万亩。蔬菜生产推广杀虫灯、防虫网，高效低毒低残留农药应用面积16.5万亩。